学院和系有着三点不同：级别不同、规模不同、功能及承担的任务不同。
1、级别不同
大学中设置的系科，一般来说级别上低于学院，由一个或几个性质相近的专业组成，两至三个系又组成一个学院。大学内也有规模较大与学院平级的直属系。
大学中设置的二级学院，与系科一样是大学内设单位，包含多个相近的学科专业或学系，拥有相对独立的文化特征和管理权责。
2、规模不同
在规模上，从专业设置数量、学院师生人数，到设备设施和建筑占地面积，学院总体来说是大于系科的。
上世纪80年代以来，一批规模较大、办学水平较高的教学科研型或研究型大学，纷纷由学系改组成为学院，升级的基本条件之一就是对学院规模有一定要求，如招生规模、教师数量和比例、实验室硬件设施、有硕士学科点、国家实验室、毕业生的论文水平和存档情况等，达到一定规模的基础上才可以从系科升级为二级学院。
3、功能及承担的任务不同
大学的系科主要承担组织教学和人才培养，具体科研项目及实验室建设等任务。
当系升级为二级学院后，以学院为主体，其所具有的功能和承担的任务都有了更大的外延，扩展到高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等领域，并因涵盖领域的扩大，不断形成交叉学科、边缘学科、新兴学科，通过创新学科，促进社会和经济发展。
进一步的，学院的社会服务功能日益显著，实现社会化办学，加速高科技应用型人才的培养和科研成果向生产力转化。
