中科院和工程院的区别在于工作性质上的不同。中科院院士为代表的高级科学人才，是在科学技术领域作出系统的、创造性成就的者。而以工程院院士为代表的高级技术人才，是在工程技术方面作出重大的、创造性成就和贡献的专家。
机构性质不同：
中国科学院为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。是国家在科学技术方面的最高咨询机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询。
中国工程院是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，国务院直属事业单位。具有很高的工程科学技术水平和在国际上享有良好声誉，对中国工程科学技术事业发展做出贡献或在促进我国工程科学技术界国际交往方面有重要作用的外国籍专家、可被提名并当选为中国工程院外籍院士。
科学成就不同：
中国科学院提出了建设国家创新体系的构想，先后实施知识创新工程、“创新２０２０”、《“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新２０５０：科学技术与中国的未来》等战略研究报告。
中国工程院先后开展联合培养博士生试点工作，实施了教育部工程科技人才培养研究专项、工程科技人才培养课题研究、举办国际工程科技发展战略高端论坛等论坛会议。在工程科学技术方面作出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派，品行端正。
