生化棉和过滤棉的区别主要在于材质、使用环境、过滤原理以及制作原理方面。
1、材质：过滤棉是白色，质地软，密度大，主要目的是过滤脏东西的，一般密度比较细，而生化棉是培养硝化细菌的，一般是黑色，绿色，质地硬，孔径大；
2、使用环境
生化棉使用在鱼缸中，主要培养硝化细菌，用于分解水中有毒有害物质，而过滤棉可用于空气过滤和鱼缸过滤，通过拦截的方式过滤空气可水中杂质及颗粒物；
3、过滤原理
生化棉属于生化过滤，利用硝化细菌分解有毒有害物质，产生无毒无害物质．可提高水质，增加鱼儿成活率，而过滤棉属于物理过滤，依靠物理惯性、扩散等原理来拦截并吸附空气和水中颗粒物。
4、制作原理
生化棉利用聚氨酯发泡制作而成，具有重复清洗，永不变型特点，是经由专家分析最适合培养优良硝化菌之温床，而过滤棉是采用聚酯合成纤维为过滤材料，经过选材、筛选、分离、烘干、合成和定型制作而成。
生化棉是一种使用范围较广的滤材，主要是起到生化过滤的效果，适用于淡水缸、海水缸、草缸等观赏类水族箱。生化棉可改善水质，从而提高鱼类的成活率，是一种兼有物理和生化过滤效果的过滤材料。
过滤棉：过滤棉一般指的是空气过滤。根据过滤棉的材质，可分为合成纤维过滤棉、玻璃纤维过滤棉、无纺布过滤棉以及活性炭过滤棉。
