果蝇的天敌是毛角锤角细蜂和东亚小花蝽。
毛角锤角细蜂属于寄生性昆虫，寄主的范围十分广泛，在大自然的分布也极为广泛，是果蝇的主要天敌，毛角锤角细蜂会在果蝇的蛹中产卵，寄生并杀死果蝇，以此来达到以虫治虫的目的。
东亚小花蝽的成虫和若虫是捕食性昆虫，可以通过捕食果蝇来达到消灭果蝇的目的。
除此之外，果蝇还害怕烟之类的东西，一旦接触大量的烟雾，果蝇就会被闷死，因为果蝇的呼吸系统非常小，并且很脆弱，需要源源不断的洁净空气，如果它们吸入了大量的刺激物或者烟雾，那么就会很快死去。
在果实着色期的防治期间，可以积极引入寄生性天敌昆虫毛角锤角细蜂，释放量在150万头到225万头每公顷，还可以释放果蝇的捕食性天敌昆虫东亚小花蝽，释放量在9万头到15万头每公顷，释放时都在5月下旬至6月上旬，可以连续释放两次，间隔时间为10到12天，这样就可以防治果蝇幼虫和蛹期。
果蝇属于小型蝇类，体长1.5到4毫米间，虫体以黄褐色者居多，也有些是黑色的。果蝇头部有一对大而多呈鲜红色的复眼，两复眼内侧有三对眼缘刚毛，复眼间的后头中央微微隆起，形成一个单眼三角区，三个单眼的前下方生有一对单眼刚毛。
果蝇怕刺激性的东西，比如烟，想消除果蝇，可以购买一瓶杀虫剂，点燃一根焚香，或者使用粘性的东西，等果蝇落下来的时候，这些果蝇就会被黏住。果蝇又称果实蝇、针蜂，体积比较小，很难拍打，果蝇比较喜欢生活在果蔬生长的地方，它会导致果蔬变得腐烂，当果蔬腐烂以后会吸引果蝇产卵，从而产出小果蝇，非常讨人厌。
