1、车间环境设计布局问题：车间各功能区没有严格区分好，存在交叉污染途径，高洁净区没有防护或缓冲区等，造成外界细菌进入洁净区间。
2、机器设备问题：设备是否达到食品无菌要求，材质是否易清洁消毒，这是机器设备选用时要考虑的前提。比如有的设备不易清洁会存在卫生死角，这样的设备使用一定时间后就会成为污染源。
3、洁净区防护与卫生问题：洁净区卫生是生产食品的重点区域，不能忽视其重要性，有的洁净区不洁净，产品一出来就会暴露在污染的环境中，空气中的细菌就会与食品接触后，包装好的产品就很容易发霉了。
4、生产技术或工艺参数控制不当：比如我们要求高温杀菌的工序，控制的温度与时间达不到的话，会造成菌落杀不死，这样产品后期也会发霉，所以对温度控制、臭氧消毒时间、等工艺技术要制定严格控制方法。
5、配方不合理，糕点有保质期短期的与长期的，其配方特性不同，比如防腐剂的种类与配比和产品本身的酸碱度等，如果配方不合理也很容易造成糕点在保质期内发霉。
6、与产品接触的内包材的管理不当，内包材需要干净无菌，要防护好不受污染，同时在使用前要进行消毒处理。
