1、控制海域富营养化物质负荷。由于富营养化是赤潮发生的物质基础，专家认为加强海域富营养化物质负荷的控制，严格管控和消减陆源排放和海上排放，控制好污染物质排海总量是行之有效的措施。
2、加强赤潮监测、预警、预报能力建设。充分应用高科技手段提高赤潮预警预报能力，加强水色遥感技术研究，提高水色遥感准确性和分辨率；应针对福建省沿海赤潮特点，设立科研专项，开展赤潮爆发机理和赤潮预报模型研究，提升赤潮预警、预报能力。
3、加强富营养化海域水体和底质的改善。加强开发、引进和推广海域富营养化治理和生态修复技术，发挥贝藻类在减轻水体富营养化和改善生态环境方面的独特作用，通过增大藻类养殖和贝类养殖范围建立生态养哆椹兼悉殖系统，减轻海洋环境的富营养化程度，以降低赤潮的发生。
