1、根据基因在样本中的信号表达值，利用基因间的相互作用（相关系数）来拟合基因的无标度网络关系，构建基因间的共表达网络，结果样式如图。点：图中每个圆点代表一个基因。
2、颜色：对于两分组（例如实验组和对照组），红色点为上调基因，蓝色为下调基因，对于多分组（例如 组1，组2，组3），由于差异基因中不分上、下调，所以紫色为差异基因。
3、连线：两个基因的共表达关系用连线表示，正相关用实线连接，负相关用虚线连接。
4、数量：一般基因数量建议控制在200-1000左右，数量太少可能会由于关系太少，连不成网络图，数量太多网络图会太大，不便于后续挑选。
5、挑选：点的大小代表与之有共表达关系的基因数量，点越大，代表与之有共表达关系的基因越多，推测其越重要，是网络图中的核心基因，可以挑选做后续的验证试 验或进一步的分析，同时还可根据关注的基因来挑选。如上图中MIOS、MYPN和CTSK等点大的点是网络中的核心基因。
