1、短链烷烃：一般绘制较多的是有机物的分子结构。选择Tools Palette － SolidBond（如图） ，在文档窗口中单击拖动画出与X 正轴成30°的第一根键，鼠标指向键的一个端点（加亮显示），单击以该端点为新的连接点产生第二根键。以此类推，可以画出目标分子。
2、取代烷烃：若想以其它原子取代碳原子，有三种方法。其一选择Solid Bond，鼠标指向某个原子（加亮显示），双击出现文本输入框，输入新的原子即可；其二选择Tools Palette－Text（如图） ，单击想取代的原子，出现文本输入框，输入新内容即可。其三使用“热键”，鼠标指向某个原子（加亮显示），按“热键”，如o ，则碳原子被氧原子取代（系统会自动调节氢原子的个数）。
3、长链烷烃：选择Tools Palette －Acyclic Chain（如图） ，在工作区单击并拖动出现碳链，同时鼠标的右上方会出现数字标明碳原子的个数。
4、不饱和键：在Solid Bond激活的情况下，指向欲改变键级的键，从键的一端拖动到另一端即可增加一个键。单击可以改变不饱和键的排列（ 向外、向内、居中）。
5、选择原子或键：单击Tools Palette－Lasso 或Marquee（如图） ，围绕物体从一端拖动鼠标到另一端。
6、删除原子或键：选择原子或键，单击Tools Palette－Eraser（如图） 或Toolbar－Cut或Delete、Backspace，即可执行删除的目的。可以使用Undo Delete 和Redo Delete命令进行撤销和恢复删除。
7、调整结构：选定原子、键或整个结构，选择Menu bar － Structure － AtomProperties（图1）和Bond Properties（图2 ），修改原子和键的性质，最后产生的结构可以使用Clean Up Structure进行优化。
8、文件保存：File － Save，自动存成.cdx文件，下次直接打开文件，就可调用程序进行修改等；但是要插入Word 文档中，必须选择File － Export 存成.wmf 文件，从Word－插入－图片－来自文件即可插入图片，但是.wmf 文件不能修改。
