与红色碧玺相似的宝石有红宝石、红色尖晶石、锂辉石、淡红色黄玉、红色绿柱石、淡紫色水晶等。与绿色碧玺相似的宝石有透辉石、祖母绿、绿色绿柱石。与蓝色电气石相似的宝石有蓝色尖晶石。
碧玺与上述宝石区别在于，碧玺的棱角处有明显双影，气液包裹体和裂隙较多，二色性强，是碧玺鉴别的一个极其重要特征，透明度好，其密度和折光率均有较大差异，双折射率大。鉴别它们的最可靠方法是测密度和折光率。
与碧玺有几分相似的主要有各色玻璃和人造红蓝宝石等，区分它们比较容易，玻璃系均质体，不会出现折射双影。玻璃硬度低，密度小。碧玺二色性强，密度大。人造红蓝宝石与天然红蓝宝石性质相近，主要通过密度、折光率来区别。
我们购买碧玺手串或珠链时要注意在其中混入水晶或玛瑙等价值较低的珠子，带有色泽的这些低档珠子往往透明度较碧玺差，光亮度也比不上碧玺。
另外碧玺的保养也有讲究，碧玺硬度大，但性较脆，晶体内部多见包体。为此，碧玺尤其要避免磕碰。绝对不要将碧玺放在高温水中清洗或在火中烘烤，这样很容易使碧玺内部包体膨胀，造成碧玺的裂纹产生。洗澡或洗衣物时一定将碧玺首饰取下，以避免热水对碧玺造成的损坏。
