日本离中国的台湾省最近。日本最西端的与那国岛（北纬24°27′，东经123°00′），距离台湾省宜兰县苏澳镇（东经122度,北纬24.3度）直线距离约107公里。中国大陆离日本最近的是吉林省珲春市，距离1200多公里百。
日本以温带和亚热带季风气候为主，夏季炎热多雨，冬季寒冷干燥，四季分明。全国横跨纬度达25°，南北气温差异十分显著。绝大部分地区属于四季分明的温带气候，位于南部的冲绳则属于亚热带，而北部的北海道却属于亚寒带； 1月平均气温北部-6°C，南部16°C；7月北部17°C，南部28°C。
日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪；6月、7月（冲绳、奄美为5月、6月）间连绵不断的梅雨；以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。
日本有记载的最高温度纪录是40.9℃，于2007年8月16日在崎玉县熊谷市和岐阜县多治见市测得；有记载的最低温度纪录是-41℃，于1902年1月25日在北海道旭川市测得。
